Darth Sidious svela il suo piano per creare una nuova super–arma: un clone Sith perfezionato di nome Jek-14. Per aiutarlo a sconfiggere la Repubblica una volta per tutte. Sarà compito del Maestro Jedi, Yoda, e dei suoi giovani allievi Padawan, lavorare insieme e salvare la galassia! Il Conte Dooku usa il suo nuovo e migliorato Clone-a-Matic per creare un esercito di cloni Jek, ma l’originale Jek-14 non vuole prendere parte al pericoloso piano. Ora, con l’aiuto di vecchi amici e di due Droidi piuttosto familiari, l’insegnante supplente Anakin Skywalker deve condurre la classe Padawan di Yoda alla vittoria!