La serie riprende uno dei personaggi degli anni '60, Keith "Bud" Ricks, divenuto ora adulto: Keith dirige un centro in cui studia i delfini, uno dei quali è battezzato Flipper. In questa versione, Flipper è il protettore di una coppia di ragazzini, Mike e Maya, successivamente aiuta il vice-sceriffo Tom nei salvataggi in mare. Le trame degli episodi comprendono una situazione di pericolo risolta, almeno in parte, dall'intervento del delfino e variano dall'avvistamento di una sirena al ritrovamento di un cadavere; lo stile si alleggerisce a partire dalla seconda stagione diventando in varie puntate più simile a una commedia. Mentre nella terza e quarta stagione la serie si concentra sulla famiglia di Tom, ora patrigno di due bambini, Chris e Jackie, che diventano i nuovi amici di Flipper.